Die alte Stadtkirche St. Petri in Ratzeburg wurde etwa zur gleichen Zeit wie der Dom erbaut. Der Dom wurde ursprünglich als Bischofskirche errichtet. In der Zeit um 1200 brauchte eben dieser Bischof viele Menschen um seinen Haushalt zu führen. Dies ist der Grund warum die Zahl der Inselbewohner anwuchs. Da es aber nicht gestattet war die Bischofskirche für den normalen Gottesdienst zu nutzen, stellte der Herzog von Sachsen Mittel zum Bau einer weiteren Kirche zur Verfügung. Die alte Ratzeburger Stadtkirche wurde dann auf der größten Erhebung auf der Insel gebaut. Vom Aussehen hatte sie aber nicht viel mit der heutigen St. Petri Kirche zu tun, sie ähnelte eher dem Dom. Erstmals erwähnt wurde die Ratzeburger Stadtkirche 1301. Beschrieben wurde dieses Kirche als eine der schönsten Kirchen des Landes. Durch die Belagerung der Dänen 1693 wurde die Stadtkirche fast zerstört, der damalige Pastor Christoph Hack setzte sich aber für sie ein und verschonte sie so vor der kompletten Zerstörung. Der ehemalige Turm der Kirche wurde komplett zerstört. Im Jahr 1689 wurde mit dem Abbruch des Schlosses und der Kapelle des Herzogs, die Schloss und Garnisonskirche nach St. Petri umgemeindet. Durch diese Zusammenlegung der beiden Gemeinden wurde die St. Petri Kirche jedoch zu klein. Dies und der Umstand, dass 1787 ein Unwetter das Kirchendach so sehr beschädigte, dass der Entschluss gefasst wurde die alte Kirche abzureißen. In der heutigen St. Petri Kirche stecken noch letzte Überreste des alten Gotteshauses. So sind die untersten Reihen der Umfassungsmauer etwa 750 bis 800 Jahre alt. In den folgenden vier Jahren von 1787 bis 1791 wurde die neue St. Petri Kirche gebaut. Die Einweihung fand am ersten Advent 1791 statt. Die Fertigstellung und die Einweihung der neuen Kirche war ein durchaus großes Ereignis, da dies für damalige Verhältnisse eine große Kirche war. Sie war die damalige Hauptkirche im Herzogtum. Die Kosten für den Bau der Kirche betrugen 28000 Taler. Im Gegensatz zu heute fehlte der Kirche früher aber der heutige Glockenturm. Dieser wurde erst 1911 errichtet. Heute befinden sich drei Glocken in dem Glockenturm, von denen die kleinste immer um 21 Uhr läutet und zum Abendgebet aufrufen soll.

Besondere Stücke die sich in der Kirche befinden sind beispielsweise die beiden aus Eichenholz gefertigten Figuren von Maria und Johannes. Diese stammen etwa aus dem 14. Jahrhundert. Auffällig hierbei sind die Gesichter der beiden, Marias Gesicht sieht schmerzvoll aus, wohin gegen das Gesicht von Johannes von Ergriffenheit geprägt ist.

Die Kanzel und die Orgel der Kirche befinden sich im Inneren recht zentral, das hat den Vorteil, dass die 1000 Besucher der Kirche so dicht wie möglich am Geschehen sitzen.

1974 wurde die St. Petri Kirche teilweise erneuert, die heutigen Bänke stammen beispielsweise aus dieser Zeit.

Die alte Kemper Orgel von 1911 wurde 1980 durch eine neue Orgel ersetzt.